国家卫星海洋应用中心是隶属国家海洋局的事业单位，她的前身可追溯到1996年5月国家海洋局成立的海洋卫星总体部，成立伊始，在艰苦的条件下，经过努力，开展并完成了我国第一颗海洋卫星立项综合论证的工作。1997年6月，海洋一号（HY－1）卫星正式得到国防科工委的立项批复，这标志着我国将结束没有海洋卫星的历史，使我国的海洋遥感事业进入了一个崭新的时代。
1998年3月，国家海洋局在卫星总体部的基础上开始筹建国家卫星海洋应用中心，同时大力推进海洋卫星地面应用系统建设工作。1999年5月，HY－1卫星地面应用系统建设工程得到国家计委的立项批复；2000年9月中编办批复同意成立国家卫星海洋应用中心。
国家卫星海洋应用中心编制60人，下设办公室、业务处、北京卫星地面站、三亚卫星地面站、技术一部、技术二部等机构。已初步建成功能齐备、能够满足业务化运行的HY－1卫星地面应用系统，具备接收覆盖我国管辖及临近海域的海洋卫星数据的能力，并可业务化开展卫星数据处理、产品制作、存档分发以及应用和服务工作。
2000年11月22日，国务院新闻办公室发布了《中国的航天》白皮书，这是我国政府首次正式对外阐述中国航天发展政策，在有关空间应用和未来发展目标部分中指出：建立长期稳定运行的卫星对地观测体系。其中，海洋卫星系列是其重要的组成部分。
国家卫星海洋应用中心，在国家海洋局和国家有关部门的统一指导下，“十五”期间，将大力发展海洋卫星事业，在继续发展海洋水色系列卫星的同时，大力发展海洋动力环境卫星，初步建立我国海洋系列卫星及其应用体系，为我国经济建设、国防建设和社会发展作出新的贡献。
卫星中心的主要职责和任务是：
拟订海洋系列卫星及其应用研究规划，负责对全国重大海洋卫星遥感应用项目与系列海洋卫星发展进行综合论证。
管理海洋卫星遥感业务及其应用的技术工作，组织开展海洋卫星遥感应用技术研究。拟订海洋卫星遥感应用业务化系统的建设规划，组织实施海洋卫星遥感应用业务。
负责海洋卫星地面应用系统及海洋卫星地面接收站的建设和管理，负责海洋卫星专用软件的研制及其系统的更新、升级。
负责我国海洋卫星数据的实时接收、处理、产品存档与分发服务及海洋卫星信息产品的发布.建设和管理海洋卫星数据库和信息系统，负责数据和系统的更新、升级。
负责制定海洋卫星数据格式、数据处理及产品形式的标准、规范。
负责海上辐射校正场和真实性检验场的规划、建立和维护管理， 负责海上和陆地试验场工作任务的组织实施。
组织开展海洋卫星遥感的国际技术合作和学术交流。
